Namun, ada juga pesantren yang dipengaruhi oleh transnasionalisme Islam, yang mungkin tidak mengakui kedaulatan negara dan menolak upacara bendera serta mengkritik pemerintah.
Dalam hal ini, Majelis Masyayikh berkomitmen untuk menjaga pesantren sebagai tempat yang mengedepankan ajaran Islam yang damai, dan jika terjadi kekerasan atau radikalisme di pesantren, hal ini akan dipertanyakan.
Majelis Masyayikh adalah lembaga penjaminan mutu pesantren yang dibentuk berdasarkan UU No 18 tahun 2019 tentang Pesantren. Ini adalah konsekuensi dari pengakuan pemerintah terhadap pesantren, sehingga pesantren harus mampu menjaga mutu pendidikan mereka secara mandiri.
Pemerintah telah mengakui pondok pesantren sebagai satuan pendidikan non formal yang menjadi bagian integral dari sistem pendidikan nasional (Sisdiknas) melalui Undang-Undang Pesantren. Hal ini berarti bahwa lulusan pesantren memiliki status setara dengan lulusan satuan pendidikan formal yang diakui oleh negara.
Dengan pengakuan pemerintah ini, santri pesantren memiliki lebih banyak peluang untuk melanjutkan pendidikan mereka di berbagai lembaga pendidikan formal atau melamar pekerjaan di berbagai sektor, termasuk sebagai anggota TNI-Polri. Dengan legalitas yang diakui, fokus pesantren akan lebih pada meningkatkan kualitas pendidikan yang mereka berikan.
Majelis Masyayikh dan Dewan Masyayikh berperan penting dalam menjaga pesantren agar tetap berkembang dan memberikan pendidikan berkualitas sesuai dengan komitmen kebangsaan yang menjunjung tinggi nilai-nilai Islam yang damai. Dengan demikian, pesantren dapat tetap menjadi lembaga pendidikan yang berkontribusi positif bagi bangsa dan negara Indonesia.
